Deteksi Virus White Spot Menggunakan Metode Polymerase Chain Reaction

Gambar Gravatar
  • Whatsapp

Pernah melihat cara anjing melacak narkoba di bandara? Mereka menyisir deretan tas sambil mengendus-endus. Saat tas dicurigai berisi narkoba serta-merta anjing itu menarik-narik tas lalu menyalak, guk.. .guk.. .guk…. “Saya dapat, saya dapat” begitu kira-kira maksudnya.

Prinsip kerja anjing pelacak itu sama dengan PCR, Polymerase Chain Reaction, menelusuri jejak macam-macam virus pada udang seperti White Spot Syndrome Virus (WSSV)1 dan Taura Syndrome Virus (TSV)2. Yang berbeda hanya cara menjerat dari tanda-tanda yang diberikan.

Sederet pita-pita berisi pesan kode genetik berjejer menurut bobot molekul. Sebaris pita lain sebagai penanda alias kontrol (DNA marker) disandingkan di sebelahnya. Jika susunan pita itu menyimpang sedikit saja, ehm… .virus pun tertangkap.

Pemanfaatan PCR di akuakultur terutama di udang tergolong baru. Alat itu diadopsi petambak udang sebagai upaya menekan kerugian akibat serangan virus. Indonesia menerapkan baru 4 bulan terakhir ini. Maklum, harga yang mahal dan keterbatasan operator ahli menjadi batu sandungan.

Sample segar

Pengujian PCR dilakukan saat benur akan ditebar. Tujuannya untuk menghindari infeksi virus secara vertikal.

Seyogyanya pengujian diulang pada hari ke-30, 60, dan 90 pascatebar benur. Itu untuk mengantisipasi infeksi virus secara horizontal. Hasil uji PCR dapat diketahui dalam waktu singkat sekitar 5 sampai 6 jam. Langkah awal PCR adalah mengekstraksi DNA/RNA dari sampel segar.

Sampel berasal dari potongan insang, kaki renang (pleopoda), atau cairan hemolim. Jika tidak mungkin segar, sampel boleh disimpan dahulu di dalam larutan alkohol 95% untuk mencegah kerusakan DNA/RNA.

Sampel perlu segera diuji. Dengan larutan lysis Buffer (IQ2000™) DNA/ RNA diekstrak dari sel-sel sampel, lalu diisolasi untuk menghindari kerusakan akibat kerja enzim dNase dan rNase. Ekstrak itu disentrifuges alias diputar sehingga diperoleh butiran atau pelet DNA/RNA yang siap dipakai saat penggandaan.

Ekstraksi DNA/RNA digandakan lewat sokongan enzim primer. Satu enzim hanya bertanggungjawab atas penggandaan satu jenis DNA/RNA. Proses ini disebut amplifikasi yang diatur suhu dan siklusnya melalui thermocycle alias mesin PCR.

Kegiatan penggandaan terus berulang hingga mirip reaksi berantai dan selalu melibatkan enzim DNA Taq Polymerase. Itulah sebabnya seluruh proses dinamakan Polymerase Chain Reaction (PCR) atau reaksi rantai polimerase.

Elektroforesis

Ekstraksi DNA/RNA untuk mendeteksi virus udang

DNA/RNA yang telah digandakan selanjutnya di elektroforesis dengan larutan buffer TAE atau TBE. DNA/RNA dicelupkan ke dalam lubang-lubang kecil pada lempengan agar Agarose 2%. Hasil elektroforesis menampilkan pita-pita DNA/RNA yang posisinya tersebar berdasarkan berat molekul. Ia kemudian dibandingkan dengan posisi pita-pita pada lajur penanda DNA (DNA marker) sebelum menyimpulkan sampel terinfeksi atau bebas dari virus.

Agar ketepatan data valid, setiap kali pengujian perlu disertai kontrol positif dan negatif. Kontrol positif memanfaatkan plasmid DNA/RNA virus yang diuji. Ia menampilkan pita-pita DNA/RNA. Sebaliknya, kontrol negatif cukup memakai air biasa.

Hasil elektroforesis akan tampak bersih alias kosong. Apabila pita-pita DNA/RNA terlihat di lajur kontrol negatif mengindikasikan terdapat kontaminasi. Seluruh proses uji harus diulang untuk menjamin keabsahan hasil.

Hasil PCR dapat berupa data kualitatif dan kuantitatif. Data kualitatif menunjukkan ada tidaknya infeksi virus. Tingkat infeksi virus dari ringan hingga berat ditunjukkan oleh data kuantitatif. Setidaknya, dengan hasil itu langkah-langkah penyelamatan bisa diambil.

Misal segera mengisolasi petakan tambak dan kolam yang terinfeksi virus , memperketat kegiatan sanitasi lingkungan, pemberian imunostimulan untuk meningkatkan daya tahan tubuh. Atau segera memusnahkan udang agar tidak menulari petak yang masih infeksi.

  1. Sánchez-Paz, Arturo. “White Spot Syndrome Virus: An Overview on an Emergent Concern.” Veterinary Research, vol. 41, no. 6, 2010. PubMed Central, doi:10.1051/vetres/2010015.
  2. Lightner, Dv, et al. “Taura Syndrome in Penaeus Vannamei (Crustacea:Decapoda):Gross Signs, Histopathology and Ultrastructure.” Diseases of Aquatic Organisms, vol. 21, 1995, pp. 53–59. DOI.org (Crossref), doi:10.3354/dao021053.